Eestis on kaitse alla võetud 570 taime-, seene- ja loomaliiki. Kaitsealused liigid jagunevad 3 kaitsekategooriasse.
I kategooriasse kuuluvad enamasti vähenenud arvukuse ning kriitilise piirini rikutud elupaikadega, suures hävimisohus olevad liigid, kelle edasine säilimine Eesti looduses ohutegurite toime jätkumisel on kaheldav. II kategooriasse kuuluvad väga piiratud alal või vähestes elupaikades esinevad liigid, kelle arvukus langeb ning levila aheneb. III kategooria liigid on praegu veel suhteliselt tavalised, kuid ohutegurite toime jätkumisel võib nende arvukus kriitiliselt langeda. Kaitse alla on võetud 46 putukaliiki, kes jagunevad II ja III kategooriasse. I kategooria liikide hulgas putukaid seni kaitse alla võetud ei ole.
II kaitsekategooria putukad:
Mardikalised (Coleoptera)
eremiitpõrnikas (Osmoderma eremita)väike-punalamesklane (Cucujus cinnaberinus)
männisinelane (Boros schneideri)
Liblikalised (Lepidoptera)
mustlaik-apollo (Parnassius mnemosyne)III kaitsekategooria putukad:
Kiililised (Odonata)
rohe-tondihobu (Aeshna viridis)valgelaup-rabakiil (Leucorrhinia albifrons)
suur rabakiil (Leucorrhinia pectoralis)
hännak-rabakiil (Leucorrhinia caudalis)
rohe-vesihobu (Ophiogomphus cecilia)
Mardikalised (Coleoptera)
laiujur (Dytiscus latissimus)tõmmuujur (Graphoderus bilineatus)
must-seenesultan (Oxyporus mannerheimi)
Liblikalised (Lepidoptera)
vareskaera-aasasilmik (Coenonympha hero)teelehe-mosaiikliblikas (Euphydryas aurinia)
suur-mosaiikliblikas (Euphydryas maturna)
suur-kuldtiib (Lycaena dispar)
sõõrsilmik (Lopinga achine)
tähnik-sinitiib (Maculinea arion)
tume-nõlvaöölane (Chersotis andereggii)
põhja-tõmmusilmik (Erebia embla)
hahkkaruslane (Phragmatobia luctifera)
Kiletiivalised (Hymenoptera)
liivakuklane (Formica pratensis)veerekuklane (Formica nigricans)
laanekuklane (Formica aquilonia)
karukuklane (Formica lugubris)
palukuklane (Formica polyctena)
arukuklane (Formica rufa)
kännukuklane (Formica truncorum)
ristikukimalane (Bombus distinguendus)
aedkimalane (Bombus hortorum)
jaanikimalane (Bombus humilis)
talukimalane (Bombus hypnorum)
nõmmekimalane (Bombus jonellus)
kivikimalane (Bombus lapidarius)
maakimalane (Bombus lucorum)
samblakimalane (Bombus muscorum)
põldkimalane (Bombus pascuorum)
niidukimalane (Bombus pratorum)
tume kimalane (Bombus ruderarius)
Schrencki kimalane (Bombus schrencki)
sorokimalane (Bombus soroeensis)
pikktiib-kimalane (Bombus sporadicus)
urukimalane (Bombus subterraneus)
metsakimalane (Bombus sylvarum)
karukimalane (Bombus terrestris)
hall kimalane (Bombus veteranus)
Euroopa Ühenduse tähtsusega putukaliigid, mis vajavad ranget kaitset:
Mardikalised (Coleoptera)
Bolbelasmus unicornisBuprestis splendens
Carabus hampei
Carabus hungaricus
Carabus olympiae
Carabus variolosus
Carabus zawadszkii
Cerambyx cerdo
väike-punalamesklane (Cucujus cinnaberinus)
Dorcadion fulvum cervae
Duvalius gebhardti
Duvalius hungaricus
laiujur (Dytiscus latissimus)
tõmmuujur (Graphoderus bilineatus)
Leptodirus hochenwarti
Pilemia tigrina
eremiitpõrnikas (Osmoderma eremita)
Phryganophilus ruficollis
Probaticus subrugosus
Propomacrus cypriacus
Pseudogaurotina excellens
Pseudoseriscius cameroni
Pytho kolwensis
Rosalia alpina
Liblikalised (Lepidoptera)
Apatura metis
Arytrura musculus
Catopta thrips
Chondrosoma fiduciarium
vareskaera-aasasilmik (Coenonympha hero)
Coenonympha oedippus
Colias myrmidone
Cucullia mixta
Dioszeghyana schmidtii
Erannis ankeraria
Erebia calcaria
Erebia christi
Erebia sudetica
Eriogaster catax
Fabriciana elisa
Glyphipterix loricatella
Gortyna borelii lunata
suur-mosaiikliblikas (Hypodryas maturna)
Hyles hippophaes
Leptidea morsei
Lignyoptera fumidaria
sõõrsilmik (Lopinga achine)
suur-kuldtiib (Lycaena dispar)
Lycaena helle
tähnik-sinitiib (Maculinea arion)
Maculinea nausithous
Maculinea teleius
Melanagria arge
Nymphalis vaualbum
Papilio alexanor
Papilio hospiton
mustlaik apollo (Parnassius apollo)
Parnassius mnemosyne
Phyllometra culminaria
Plebicula golgus
Polymixis rufocincta isolata
Polyommatus eroides
Proserpinus proserpina
Pseudophilotes bavius
Xylomoia strix
Zerynthia polyxena
Röövritsikalised (Mantodea)
Apteromantis aptera
Kiililised (Odonata)
rohe-tondihobu (Aeshna viridis)
Cordulegaster heros
Cordulegaster trinacriae
Gomphus graslinii
valgelaup-rabakiil (Leucorrhina albifrons)
hännak-rabakiil (Leucorrhina caudalis)
suur-rabakiil (Leucorrhina pectoralis)
Lindenia tetraphylla
Macromia splendens
Ophiogomphus cecilia
Oxygastra curtisii
Stylurus flavipes
Sympecma braueri
Sihktiivalised (Orthoptera)
Baetica ustulataBrachytrupes megacephalus
Isophya costata
Isophya harzi
Isophya stysi
Myrmecophilus baronii
Odontopodisma rubripes
Paracaloptenus caloptenoides
Pholidoptera transsylvanica
Saga pedo
Stenobothrus (Stenobothrodes) eurasius
Euroopa Ühenduse tähtsusega putukaliigid, mille säilitamine nõuab erikaitsealade määramist:
Mardikalised (Coleoptera)
Bolbelasmus unicornis
männisinelane (Boros schneideri) (o)
Buprestis splendens
Carabus hampei
Carabus hungaricus
*Carabus menetriesi pacholei
*Carabus olympiae
Carabus variolosus
Carabus zawadszkii
Cerambyx cerdo
Corticaria planula (o)
väike-punalamesklane (Cucujus cinnaberinus)
Dorcadion fulvum cervae
Duvalius gebhardti
Duvalius hungaricus
laiujur (Dytiscus latissimus)
Graphoderus bilineatus
Leptodirus hochenwarti
Limoniscus violaceus (o)
põderpõrnikas (Lucanus cervus) (o)
Macroplea pubipennis (o)
Mesosa myops (o)
Morimus funereus (o)
*eremiitpõrnikas (Osmoderma eremita)
must-seenesultan (Oxyporus mannerheimii) (o)
Pilemia tigrina
* Phryganophilus ruficollis
Probaticus subrugosus
Propomacrus cypriacus
* Pseudogaurotina excellens
Pseudoseriscius cameroni
Pytho kolwensis
Rhysodes sulcatus (o)
*Rosalia alpina
Stephanopachys linearis (o)
Stephanopachys substriatus (o)
Xyletinus tremulicola (o)
Nokalised (Hemiptera)
Aradus angularis (o)Liblikalised (Lepidoptera)
Agriades glandon aquilo (o)Arytrura musculus
*karuslane (Callimorpha (Euplagia, Panaxia) quadripunctaria) (o)
Catopta thrips
Chondrosoma fiduciarium
Clossiana improba (o)
Coenonymphus oedippus
Colias myrmidone
Cucullia mixta
Dioszeghyana schmidtii
Erannis ankeraria
Erebia calcaria
Erebia christi
Erebia medusa polaris (o)
Eriogaster catax
teelehe-mosaiikliblikas (Euphydryas (Eurodryas, Hypodryas) aurinia) (o)
Glyphipterix loricatella
Gortyna borelii lunata
Graellsia isabellae (V)
Hesperia comma catena (o)
suur-mosaiikliblikas (Hypodryas maturna)
Leptidea morsei
Lignyoptera fumidaria
suur-kuldtiib (Lycaena dispar)
Lycaena helle
Maculinea nausithous
Maculinea teleius
Melanagria arge
* Nymphalis vaualbum
Papilio hospiton
Phyllometra culminaria
Plebicula golgus
Polymixis rufocincta isolata
Polyommatus eroides
Pseudophilotes bavius
Xestia borealis (o)
Xestia brunneopicta (o)
* Xylomoia strix
Röövritsikalised (Mantodea)
Apteromantis apteraKiililised (Odonata)
Coenagrion mercuriale (o)
Coenagrion ornatum (o)
Cordulegaster heros
Cordulegaster trinacriae
Gomphus graslinii
suur-rabakiil (Leucorrhina pectoralis)
Lindenia tetraphylla
Macromia splendens
Ophiogomphus cecilia
Oxygastra curtisii
Sihktiivalised (Orthoptera)
Brachytrupes megacephalus
Isophya costata
Isophya harzi
Isophya stysi
Myrmecophilus baronii
Odontopodisma rubripes
Paracaloptenus caloptenoides
Pholidoptera transsylvanica
Stenobothrus (Stenobothrodes) eurasius